Urodził się w Beth Qatraye (dzisiaj Katar), na zachodnim brzegu Zatoki Perskiej w VII w. Wraz ze swoim bratem wstąpił do monasteru św. Mateusza (Mar Mattaj). Mnisi, widząc wysoki poziom życia duchowego i intelektualnego braci, poprosili ich, by stanęli na czele wspólnoty. Jednak święty Izaak, chcąc doskonalić się w milczeniu, odszedł na pustynię. Jego brat nieraz prosił go o powrót, ale święty się nie zgadzał. Świątobliwe życie Izaaka zwróciło uwagę patriarchy Jerzego, który wyświęcił go (ok. 648 r.) na biskupa Niniwy (dzisiaj Mosul). Święty podporządkował się woli Bożej i mądrze prowadził swoje duchowe stado.

Jednak życie mieszkańców odbiegało od ideałów chrześcijaństwa. Świadczy o tym pewna historia. Pewnego razu przyszło do św. Izaaka dwóch chrześcijan, prosząc go o rozstrzygnięcie sporu. Jeden z mężczyzn był winny drugiemu pewną sumę pieniędzy i prosił go o wydłużenie terminu spłaty długu. Jednak ten nie godził się na to i groził dłużnikowi sądem. Święty Izaak, cytując Ewangelię, prosił o miłosierdzie i danie dłużnikowi więcej czasu na spłatę. Mężczyzna powiedział: „Nie wtrącaj do tego swojej Ewangelii!” Święty Izaak odpowiedział: „Jeżeli nie przedkładasz przykazań Pana zawartych w Ewangelii, cóż wtedy pozostaje mi tutaj czynić?”.

Na katedrze biskupiej św. Izaak wytrwał tylko pięć miesięcy. Tęskniąc za życiem ascetycznym, poprosił patriarchę o zwolnienie i udał się w góry Kurdystanu. Według niektórych życiorysów mieszkał tam aż do śmierci (początek VIII w.). Inne źródła mówią o tym, że po okresie pustelniczym św. Izaak wstąpił do monasteru Rabban Shabur. Tam też miał podyktować swoje pisma braciom. Izaak odznaczał się niezwykłą pokorą, łagodnością i dobrocią, mimo iż prowadził bardzo surowy tryb życia. W przeciągu tygodnia zjadał jedynie trzy kawałki chleba i trochę warzyw, i nigdy nie jadł dań gotowanych. Dużo czytał – nie tylko Biblię, ale także dzieła wielkich nauczycieli chrześcijańskich. Zmarł w podeszłym wieku, osiągając wyżyny duchowej doskonałości.

Święty Izaak z Niniwy jest autorem wielu pism, m.in. homilii ascetycznych i modlitw. Jego dzieła nie są pisane systematycznie, ale raczej służą ciągłemu nawoływaniu do modlitwy. Są swego rodzaju trampoliną, pomagającą duszy wznieść się do Królestwa Bożego. Według św. Izaaka płodem i celem modlitwy jest zjednoczenie z Bogiem w miłości.

Nie należy go mylić z innym świętym – Izaakiem Syryjczykiem, zwanym Izaakiem ze Spoletto.